凍干過程是傳熱和傳質（水蒸氣）同時進行，熱和質的傳遞速率共同影響干燥速率，并影響整個凍干周期，所有影響熱和質傳遞的因素都會影響干燥速率。
    物料形態(tài)與組分：固體形態(tài)和液體濃度對冷凍干燥速率的影響很大。
    預凍速率：冷凍時，形成的晶體在很大程度上影響著干燥速率和干燥后產品的溶解速度。速凍和慢凍過程具有以下差別：速凍產生的冰晶小，慢凍產生的冰晶大。大冰晶利于升華，小冰晶不利于升華，快速凍結導致升華速率低，解吸速率快；慢速凍結導致升華速率快，解析速率慢。
    裝量：凍干時，分裝到容器中后，存在一定的表面積與物質厚度比（凍干與裝量有關）。表面積、厚度小，利于水分升華，容易凍干，且質量理想。干燥時，單位面積料盤上被干燥的濕重裝載量是決定干燥時間的重要因素，通常，物料堆積的厚度愈薄，傳熱和傳質速度越快，干燥時間愈短。但物料厚度薄，說明單位凍干面積上，每批次干燥的物料少，不利于提高單位凍干面積和單位時間產量。
    干燥室內壓力：影響傳熱和傳質速率，就傳質而言，壓力越低越好；對于傳熱來說，壓力越高越好。傳質速率由升華界面與干燥層表面溫度和壓力決定，提高干燥層中水蒸氣的逸出速率，可以提高升華界面溫度，增大界面水蒸汽壓；也可以提高干燥室的真空度，降低干燥層表面的蒸汽壓。
    按照傳統傳熱，可劃分為：傳導、對流、熱輻射、介質加熱（微波加熱）。因升華干燥的過程涉及到熱和質（水蒸氣）的傳遞。因此，通過哪種傳熱方式將熱量有效地傳給物料，會對干燥速率產生很大影響。
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